2019年4月,SCI学术期刊《Current Genomics》在线发表公司细菌基因组学和传染性疾病课题组的最新研究成果《Domain-based Comparative Analysis of Bacterial Proteomes: Uniqueness,Interactions, and the Dark Matter》。该课题系统研究了来自不同细菌的100多万条蛋白质序列结构域,发现结构域复制率与细菌蛋白质组大小呈正相关型,且结构域冗余度与细菌和环境及细菌和宿主的相互作用密切相关。本项研究根据蛋白质序列中结构域的数目将蛋白质组分为四个部分,分别进行了理化性质分析,并发现大量没有结构域的蛋白质序列(Dark Matter)。此外,根据结构域的分布情况,在比较基因组的基础上,该研究还在部分细菌中找到具有潜在生物靶标特性的独特结构域。后续将深入研究无结构域蛋白质序列的特征及其生物学意义。
本项目得到3044am永利集团3044noc优秀人才启动基金(No.D2016007)、江苏省高校自然科学基金(No.16KJB180028)和江苏省双创计划(2017)的资助。生物信息学专业2016级本科生杨健叶为第二作者,2016级本科生许亚苹和吕继昌为共同作者,王亮博士为通讯作者及第一作者。
图1 结构域冗余度、结构域共现复杂度以及蛋白质序列理化性质分析